许多对多种抗生素具有耐药性的细菌源自巴基斯坦和印度次大陆的其他地区。这些细菌引起的感染很难治疗;需要使用广谱抗生素进行更长时间的治疗，尽管如此，感染多重耐药性细菌的患者死亡率仍然较高。

《自然通讯》杂志发表的一项研究揭示了巴基斯坦人群中抗生素耐药性的普遍程度。赫尔辛基大学和剑桥大学威康桑格研究所开展的这项多学科研究还调查了抗生素使用对个别患者耐药菌出现的短期影响。

“从印度次大陆返回的旅行者携带多重耐药细菌的风险最高。要了解全球耐药性的出现，必须探索在这些高风险地区传播的耐药菌株，”赫尔辛基大学传染病教授兼赫尔辛基大学医院高级医疗官 Anu Kantele 表示。

识别了整个细菌培养物中的基因

研究人员从拉合尔市区一家小医院约一千名就诊患者身上采集了直肠拭子样本。大约一半的患者在一个月的监测期后提供了对照样本。

研究人员利用这些样本探究抗生素对人体携带的大肠杆菌的影响。研究人员还从巴基斯坦人口最多的旁遮普省的健康志愿者中采集了样本。

传染病医生塔米姆·卡瓦贾在巴基斯坦待了四个月，收集当地人的样本。这些样本在当地一家实验室进行现场培养，细菌培养物被冷冻并运往芬兰。

与 Wellcome Sanger 研究所合作，使用一种新的深度测序方法对培养物的 DNA 进行测序。分析采用赫尔辛基大学博士后研究员 Tommi Mäklin 开发的新方法进行，该方法可以准确利用 DNA 所包含的所有信息。因此，研究联盟能够识别大肠杆菌的多样性，无论是在个体层面还是在种群层面。

“得益于最新测序技术的更好可扩展性以及我团队开发的方法，我们为细菌和耐药性的进化动态研究开辟了不同的视角。我相信这种方法将帮助我们在未来几年取得多项突破，”Jukka Corander 教授说。

研究表明，巴基斯坦发现的大肠杆菌菌株的流行程度表现出显著差异，即使是从单个个体采集的样本也是如此。研究人员还观察到，许多在欧洲常见的菌株无法与巴基斯坦当地的菌株相媲美，尽管许多菌株在两个大陆都有发现。

“例如，巴基斯坦常见的大肠杆菌菌株 ST58 已在生活水平较高的国家引起严重感染。在西方国家，这种菌株的无症状携带者很少见，但在巴基斯坦，ST58 是第三大最常见的大肠杆菌定植人群。再说，某些导致尿路感染的大肠杆菌菌株，在西方国家的健康人身上无症状携带大肠杆菌菌株在巴基斯坦很少见，这可能是由于抗生素选择压力高，”Mäklin 说。

不采用抗生素以防万一

在巴基斯坦发现的一些大肠杆菌在基因上与之前在挪威测序的菌株相似。

坎特勒说：“这高度体现了细菌如何像人类一样快速地从一个大陆传播到另一个大陆。”

“减少西方国家不必要的抗生素使用还不够;帮助贫穷国家更明智地使用抗生素符合每个人的最佳利益。在我们的研究中，我们发现医生通常每个病人只有不到一分钟的时间，导致经常开广谱抗生素以防万一。在我们的医疗保健危机中，我们常常忘记贫穷国家的危机要严重得多，其影响也波及到了我们，”Khawaja 说。