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1、学校设有临床学院、基础学院、特教学院（医学二系）、口腔学院、护理学院、医学人文学院、中西医结合学院、药学院、卫生管理学院、成人教育学院等10个院（系）。

2、 滨州医学院烟台校区设有临床医学、口腔医学、护理学、生物技术、中医学（中西医结合方向）、信息管理与信息系统、麻醉学、医学影像学、法学（医事法律方向）、统计学（卫生统计学方向）、英语（医学方向）、药学（临床药学方向）、应用心理学（临床心理学方向）、公共事业管理学、预防医学、劳动与社会保障等17个本科专业和方向。

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